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5种清理DNA样本的方法

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清扫街道的人清扫道路上的树叶,代表DNA清理

分子生物学中最常见的任务之一是DNA清理。bob网站app我们从水溶液中清理DNA,以除去可能影响下游应用的缓冲盐,酶或其他物质。实例包括PCR反应清除,限制性消化清理,并清理污染细胞蛋白/碎片的基因组或质粒DNA。

方便的是,有几种DNA清理方法。这里有五个。

DNA清理:5种方法

1.酚氯仿萃取

酚氯仿萃取通常先用乙醇沉淀,这是从DNA样本中去除蛋白质的传统方法。在此过程中,DNA溶液与苯酚和氯仿混合。水溶性DNA分配到水相,而蛋白质在有机溶剂存在下变性,因此停留在有机相中。然后,含有无蛋白质DNA的水相准备好收集。

优势:一种从DNA溶液中去除蛋白质的廉价而有效的方法。
缺点:与大多数现代方法相比缓慢。存在苯酚/氯仿携带进入最终样品的风险(这可能抑制下游酶促反应)。氯仿和苯酚都是危险化学品。

2.乙醇沉淀

乙醇沉淀是脱盐和浓缩DNA的普遍方法。将单价阳离子(0.1至0.5μm,通常以醋酸钠的形式)加入到DNA中,以及乙醇,终浓度为70%。乙醇改变DNA结构,使DNA分子聚集并沉淀出溶液(见Eickbush和Moudrianakis,1978年)。大多数盐和小有机分子可溶于70%乙醇,沉淀的DNA可通过离心分离。

优势:一种廉价而有效的脱盐和浓缩DNA的方法。
缺点: 耗时。您将乙醇冒入最终样本的风险。

3.硅胶柱基试剂盒

基于柱的试剂盒提供了一种方便的DNA清理方法。其原理是向样品中加入潮致性盐,通过破坏DNA的氢键使其变性。在这些条件下,DNA将选择性地结合到柱中的硅树脂上,促进其与样品的其余部分分离。

洗涤后,用低盐溶液从柱中洗脱DNA,允许旋转,导致DNA对二氧化硅失去亲和力。大多数商业供应商提供基于这项技术的试剂盒,可用于DNA清除后琼脂糖凝胶提取,酶促反应和PCR后可用的套件可供选择。

优势:方便、相对快速,用户可以使用真空歧管选项处理大量样品。
缺点:可以昂贵。一些套件给出低产率(低至25%)。旋流盐携带可能是一个问题。

:一些供应商现在正在提供改进的硅胶柱试剂盒,其中样品洗脱在非常小的体积中进行以产生高DNA浓度。

4.阴离子交换

阴离子交换DNA纯化方法通常使用带正电的DEAE功能化树脂结合带负电的DNA磷酸主链。使用特定的盐和pH条件,样品中的DNA与树脂结合,并通过严格的清洗步骤去除污染物(例如蛋白质、细胞碎片)。然后,剩余的DNA可以从树脂中选择性洗脱。

优势:用于下游应用的高纯度DNA,例如转染和DNA测序。
缺点:树脂可能是昂贵的。

5.磁性微球

这种方法使用的磁珠以pH依赖的方式有条件地结合DNA,通过简单地控制pH值,可以将DNA与样本的其余部分分离。市场上有一些磁珠试剂盒。磁珠带正电荷,在低pH值时与DNA结合,但在高pH值时,它们带负电荷,从而释放DNA。

优势:快速,不需要超营养盐或有机洗涤液。非常适合高通量处理的自动化,因为不需要离心和其他耗时的处理步骤。注:也有磁珠试剂盒,可根据盐浓度选择性结合DNA。
缺点:购买磁铁的初始成本相当高。处理多个样本时,此过程可能会很棘手,但如果您可以访问自动化工作流,则这不是问题。

最初发布于2007年10月25日。2019年6月更新和重新发布。2021年3月审查和重新发布。

清扫街道的人清扫道路上的树叶,代表DNA清理

16评论

  1. 摩根 2018年7月30日在上午12:11

    我试图在不去除相关蛋白的情况下纯化DNA,因为我们试图确定DNA相关蛋白是否在我们的疾病模型中TLR9激活中发挥作用。乙醇沉淀能达到这个目的吗?我知道大多数使用柱的DNA纯化试剂盒都有一个蛋白酶K孵育步骤来去除通常不需要的蛋白质。



  2. 吉尔森·阿泽维多 2017年5月14日晚上5:26

    我需要在样本(DNA和RNA加上2.5 M硫酸铵)中加入多少100%乙醇才能使核酸在溶液中沉淀?之后,我需要用70%的乙醇清洗DNA吗?多少钱?

    真诚地

    吉尔森·阿泽维多



  3. 清洁工 2016年12月16日上午10:42

    解释和令人愉快的文章来获取关于我的演示文稿主题的数据的绝佳方式,
    我将在高等教育机构中讲授。



  4. 亚伯拉罕 2016年8月3日晚上9:48

    我有一个疑问…如果ww用磁珠清洗,我们放一点乙醇会怎么样?



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