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清理DNA样本的5种方法

内容由Opentrons

一名街道清洁工在清扫马路上的树叶,代表DNA清理工作

分子生物学中最常见的任务之一是DNA清理。bob网站app我们从水溶液中清除DNA,以去除缓冲盐、酶或其他可能影响下游应用的物质。例如,PCR反应清除、限制性酶切清除和清除被细胞蛋白/碎片污染的基因组或质粒DNA。

有几种方便的DNA清理方法。以下是其中的五个。

DNA清理:5种方法

1.Phenol-Chloroform提取

酚氯仿抽提从DNA样本中去除蛋白质的传统方法是,通常先用乙醇沉淀。在这个过程中,DNA溶液与苯酚和氯仿混合。水溶性DNA在水相中分裂,而蛋白质在有机溶剂中变性,因此停留在有机相中。然后,包含无蛋白质DNA的水相就可以被收集了。

优势:一种从DNA溶液中去除蛋白质的廉价而有效的方法。
缺点与大多数现代方法相比,速度较慢。苯酚/氯仿可能会带入最终的样品中(这可能会抑制下游的酶反应)。氯仿和苯酚都是危险的化学物质。

2.乙醇沉淀

乙醇沉淀法是一种常用的脱氧核糖核酸脱盐浓缩方法。一价阳离子(0.1到0.5 M,通常以钠的醋酸盐形式)与乙醇一起加入DNA,最终浓度为70%。乙醇改变DNA的结构,使DNA分子聚集并沉淀出溶液Eickbush和Moudrianakis, 1978)。大多数盐和小的有机分子可溶于70%的乙醇,使沉淀的DNA便于离心分离。

优势一种廉价而有效的淡化和浓缩DNA的方法。
缺点:耗时。你冒着把乙醇带入最终样本的风险。

3.硅基于列的包

柱状试剂盒提供了一种方便的DNA清理方法。其原理是在样本中加入混沌盐,通过破坏DNA的氢键使其变性。在这些条件下,DNA将选择性地结合到柱中的硅树脂上,促进其从样本的其余部分分离。

洗涤后,DNA用低盐溶液从柱中洗脱,使其恢复原状,导致DNA失去对二氧化硅的亲和力。大多数商业供应商都提供基于这种技术的试剂盒,如琼脂糖凝胶提取后的DNA清理、酶反应和PCR等。

优势:方便,相对快速,用户可以处理大量的样品使用真空歧管选项。
缺点:可能很昂贵。有些试剂盒的产量很低(低至25%)。杂性盐的遗留可能是个问题。

请注意一些供应商现在提供改进的硅胶柱套件,样品洗脱可以在非常小的容量产生高的DNA浓度。

4.阴离子交换

阴离子交换DNA纯化方法通常使用带正电荷的DEAE功能化树脂结合带负电荷的DNA磷酸主链。在特定的盐和pH条件下,样本中的DNA会与树脂结合,并通过严格的洗涤步骤去除污染物(如蛋白质、细胞碎片)。剩下的DNA可以有选择地从树脂中洗脱。

优势:用于下游应用的高纯度DNA,如转染和DNA测序。
缺点树脂可能很贵。

5.磁珠

这种方法使用磁珠,以依赖ph值的方式有条件地结合DNA,通过简单地控制ph值,就可以将DNA从样本的其他部分分离出来。市场上有一些磁珠套件。磁珠带正电荷,在低pH值时与DNA结合,但在高pH值时变成带负电荷,从而释放DNA。

优势:快速,无混乱盐或有机洗涤溶液是必需的。理想的自动化高通量处理,因为不需要离心和其他耗时的处理步骤。注意,也有磁珠套件,选择性结合DNA取决于盐浓度。
缺点:购买磁铁的初始成本相当高。当处理多个示例时,这个过程可能比较棘手,但如果您能够访问自动化工作流,这就不是问题了。

最初发表于2007年10月25日。2019年6月更新并再版。2021年3月审查并重新出版。

一名街道清洁工在清扫马路上的树叶,代表DNA清理工作

16条评论

  1. 摩根 2018年7月30日12:11

    我试图在不去除相关蛋白的情况下纯化DNA,因为我们正在试图确定DNA相关蛋白是否在我们的疾病模型中TLR9激活中发挥作用。乙醇沉淀能做到这一点吗?我知道大多数DNA纯化试剂盒使用柱有蛋白酶K孵育步骤,以去除通常不需要的蛋白质。



  2. 吉尔松代理 2017年5月14日下午5:26

    我需要在我的样本中放入多少100%乙醇(DNA和RNA加上2.5 M硫酸铵)才能使核酸沉淀在溶液中?之后,我需要用70%的乙醇来清洗DNA吗?多少钱?

    真诚地,

    吉尔松代理



  3. 更清洁的 2016年12月16日上午10:42

    很好的解释方式,以及一篇令人愉快的文章来获取关于我演讲主题的数据,
    我将在一所高等教育机构中进行。



  4. 亚伯拉罕 2016年8月3日晚上9:48

    我有一个疑问,如果我们用磁珠清洗,我们放一点乙醇,会发生什么?



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