基础知识：苯酚萃取DNA的作用
DNA的苯酚提取是一种常用的方法，用于从核酸中除去蛋白质，例如，在基因组DNA制备期间从细胞裂解物中除去蛋白质。它常用，但不太了解。
如果你想知道苯酚提取如何工作......阅读。
使用苯酚提取DNA：基本方案
我将开始快速概述苯酚提取DNA的表达。首先，将量的苯酚加入含有蛋白质的含水汤和待纯化的DNA。
由于苯酚和水被不混溶（即，当混合时不形成均匀的混合物），因此两阶段形式：
- 水相（A.K.A.水相）;和
- 苯酚相。
苯酚是两个液体的密集，所以它坐在底部。
然后彻底混合阶段。这迫使苯酚进入水层，在水层中形成液滴的乳液。水相中的蛋白质是变性并将其分配到苯酚中，而DNA停留在水中。
首先，有点溶剂
解释如何将苯酚的添加可以分离DNA和蛋白质，我们需要简要接触溶剂。这是化学比特......忍受我。
溶剂是一种物质，通常是液体，可溶解其他物质。宽泛地，可以根据其极性对溶剂进行分类，这取决于分子中电子密度的传播的极端。
水是一种非常极性溶剂，因为氧原子是非常电极的，所以它“吸取”电子朝向它并远离氢，在氧气上产生轻微的负电荷和氢氢物上的轻微阳性（图1）。也就是说，分子内的电荷是“偏振”。
苯酚比水更少于极性分子。虽然它具有高电负电氧，但是由苯环抵消，这也是非常电极的，因此氧气周围没有电子密度的浓度。也就是说，电荷在苯酚分子中并不是如此偏振。
DNA最易溶于水相
那么与DNA和蛋白质的分离有什么关系？
通常，极性（带电）化合物在极性溶剂中最佳溶解，非极性分子在不太极性或非极性溶剂中最佳溶解。
由于其磷酸盐骨架上的负电荷，DNA是极性分子，因此它是非常易溶的水，苯酚的较少。因此，当混合水（+ DNA +蛋白）和苯酚时，DNA不溶于苯酚。相反，它保留在水相中。
苯酚翻转蛋白质的溶解度
但是，蛋白质完全是一个不同的故事。如您所知，蛋白质由长链组成的氨基酸。由于侧链的性质，每个氨基酸具有其特定的特征。一些，（例如，苯丙氨酸，亮氨酸和色氨酸）是非极性的，因为它们的侧链不含带电实体。相反，含有带电实体的侧链的氨基酸（例如，谷氨酸，赖氨酸和组氨酸）是极性的。
侧链的极性差异是生物学上重要的，因为它们在很大程度上决定了肽如何折叠成功能蛋白质。
简而言之，链条折叠，使得尽可能多的侧链比溶剂在蛋白质内（远离溶剂）。相反，侧链与溶剂相似的极性设置在外面（图2，面板1）。
思考的另一种方式是极性侧链是亲水的，并且非极性是疏水性的。疏水侧链在内部隐藏，外面的亲水链。
在细胞中，细胞质蛋白根据水的影响折叠。然而，蛋白质折叠在暴露于较低的极性溶剂时改变，如苯酚（图2，面板2）。
简而言之，蛋白质翻转内，因为较少的极性残留物（通常隐藏在内部）现在想要与较低极性酚相互作用。
相反，一些非常极化的残留物可以翻转到球状蛋白的内部，以防止不合适的新溶剂。
简而言之，蛋白质由苯酚提供的新溶剂环境永久地变性。
虽然蛋白质外部的极性残留物使它们可溶于水中，但酚类诱导的折叠变化迫使苯酚有利的残留物到外部。蛋白质现在更易溶于苯酚，而不是水相。
这是DNA苯酚提取的基础。将酚可溶性蛋白质分配给苯酚阶段，同时如上所述，水溶性，极性DNA分子保持在水相（图2，面板3）中。
一旦你获得了水性DNA，就可以使用乙醇沉淀从水相中萃取。
谨慎一句话
苯酚是一种有毒和腐蚀性的有毒化学品。它可以迅速引起严重的灼伤，应以极度保重处理。（1）由于苯酚的危险，应给出对替代方法的考虑。盐酸盐是DNA提取的一种方法，可避免使用诸如苯酚等危险试剂。（2,3）
最后的想法
本文概述了DNA的苯酚提取。阅读我们的相关文章更深入地看看苯酚/氯仿提取的实际方面，包括DNA和RNA萃取之间的差异，使用pH的重要性以及为何使用氯仿。
参考
- 有毒物质和疾病登记处的机构。苯酚的医疗管理指南。访问了2021年10月14日。
- Miller SA，Dykes DD，Polesky HF。（1988）从人核细胞中提取DNA的简单盐化方法。核酸res.。16.（3）：1215。
- Javadi A，Shamaei M，Mohammadi Ziazi L，等。（2014）不同临床样本中的两个基因组DNA提取方法的验证研究。Tanaffos.。13.（4）：41-47。
进一步阅读
- Kirby，Ks。（1957）脱氧核糖核酸分离的一种新方法：脱氧核糖核酸与蛋白质键性质的证据。Biochem J.66.（3）495-504。
- Pusztai A.（1966）蛋白质与其他聚电解质的相互作用在含有不同pH值的苯酚和水性缓冲液的两相体系中。Biochem J.99.（1）：93-101。
- 苯酚提取。访问了2021年10月14日。
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