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3'的mRNA-Seq的是转化基因表达分析

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管和测序数据描绘的基因表达分析Imeage

为什么个人药物或生活事件有不同的反应?回答这个问题是在药物或疫苗的开发过程中至关重要的一步,和一个地方开始是确定差异表达基因起到了重要作用。

从历史上看,如果你想研究基因表达,你会使用的qPCR。但是,这种方法限制了基因可以检查的数量和需要的基因序列的先验知识,这意味着标识和新基因的分析是不可能的。

一个解决方案是利用下一代测序(NGS),其可促进更高的吞吐量。NGS,可以执行基因表达发现,无需事先假设,在范围广泛的设置,确定具体的基因,对特定刺激,如抗癌药物响应。

全转录RNA测序提供了每一个成绩单,如果你需要学习突变或剪接变体可能是有用的碱基对的分辨率。但是,如果你的研究目标是测量基因的表达水平,使用全转录RNA会给你比你需要更多的数据。多余数据的装置花费更多的金钱和时间上进行实验和分析比所期望的数据。

如果你正在寻找一个NGS的方法来配置文件基因表达,不会打击你的预算,可以考虑3'组mRNA序列。此方法拥有的基因表达的灵敏的检测,更直接的数据分析,并且可以提供节省成本相比全转录RNA测序,如本文将解释。

基因表达分析方法的比较

要了解3'组mRNA序列,从基因表达分析的其他NGS方法如何不同,让我们来比较他们的工作流程和输出。

全转录RNA测序的表达谱

全转录RNA测序可以检测未知的成绩单,使编码和非编码同时基因的研究。全转录RNA测序为您提供鉴别以前未知的药物靶点和作用,并确定个人谁将会以不同的特定治疗的反应能力。套件如英杰TM值CollibriTM值双链RNA测序试剂盒的IlluminaTM值系统使这项任务相对简单。工作流程包括:

  • 捕获的mRNA使用磁性寡聚dT珠
  • mRNA的碎片
  • 辅助适配器的RNA,其形成用于在PCR期间的Illumina系统全长测序衔接的加成
  • 双链cDNA的代
  • 图书馆放大
  • 图书馆量化
  • 测序。

可以通过从不同的实验组比较读取计数数据测量的差异基因表达。例如,药物处理的样品与对照相比。从整个转录组测序对应的差异基因表达的结果很好地的qPCR数据并显示高水平的重复样品之间的再现性。

这种方法的一个需要注意的是,它需要更多的相比,3'基因测序每个样品读取,因此更具挑战性进行数据分析,并需要在测序化学更显著的投资。

3'的mRNA-SEQ ID NO:用于NGS表达谱的简单的替代方法

3'的mRNA-Seq的还提供能力,同时,没有基因序列的先验知识的许多基因表达的研究水平。与传统的mRNA-Seq的方法,它也有高水平的重复样品和对应之间的重复性很好的qPCR的数据。

3'的mRNA-Seq的优势

3'的mRNA-Seq的方法类似于传统的mRNA-Seq的方法,但有一些关键的差别。

  • 逆转录使用寡聚dT引物仅在mRNA的3'多聚腺苷酸尾发生
  • 将mRNA前第二链合成降解。

这些差异意味着3'组mRNA序列没有偏见的同一个问题遭受向更长的成绩单为全转录组测序,因为它产生每成绩单只有一个片段。每转录只有一个片段的产生也简化了数据分析,因为没有必要调整为转录长度。

在基因表达分析使用3'组mRNA序列的

如果你确定是不是测试了这项新技术,可以保证3'组mRNA序列已经在使用了各种各样的研究兴趣,并在各种不同的组织和实验条件。

使用3'组mRNA序列,研究人员在奥地利调查参与癌症免疫编辑途径。[1]他们比较了野生型和免疫缺陷小鼠注射到MC38结肠腺癌细胞的响应。由此看来,他们能够找出与由肿瘤引发的免疫防御机制的几个基因,促进我们参与这一重要进程的途径的理解。

消化内科是已经从3'组mRNA序列的技术中受益,用它来研究小鼠肠道生物群落对炎症反应的影响在德国研究人员的另一个领域。[2]无菌小鼠,并用无病原微生物菌群定殖的健康小鼠的比较,导致了与在无菌小鼠巨噬细胞生物学差异表达的基因的鉴定。bob网站app

3'的mRNA-Seq的具有商业应用来说,与研究人员在泰国用它来研究土壤真菌代谢反应土曲霉。[3]这种真菌产生衣康酸,在许多工业过程中使用的一个重要的化学品。研究人员发现增加的衣康酸生产的条件下,上调基因。这些基因的鉴定有助于澄清途径,其中土曲霉形式的衣康酸,并建议未来潜在的基因编辑的目标,以优化生产。

总结3'的mRNA-Seq的好处

3'的mRNA-SEQ已经被用于研究在各种组织和物种的差异基因表达并且已经允许研究人员的范围内工作,以确定通路的新组件。该技术进一步在一系列的健康问题,包括癌症和IBS,为了商业利益,如优化生产商业价值的生物制品的主题我们的知识。

当涉及到检测未知基因的差异表达,3'的mRNA-SEQ是成本效益的,便于分析,并且作为可再现如全转录组测序。有用于测序试剂,以产生较多的读取无需额外成本,该方法与所有的Illumina NGS系统兼容。

参考

  1. Efremova,M.,里德尔,D,Klepsch,。(2018)。靶向免疫检查站potentiates免疫编辑和改变肿瘤发展的动力。自然通讯9(1),1-13。DOI:10.1038 / s41467-017-02424-0
  2. 施密特,F.,Dahlke,K.,巴特拉,。(2019)。在成年微生物定植塑造肠道巨噬细胞车厢杂志克罗恩病和结肠炎13(9),1173年至1185年。DOI:10.1093 / ECCO-JCC / jjz036
  3. Songserm,P.,Karnchanatat,A.,Thitiprasert,S.,。(2018)。的代谢反应土曲霉在低溶解氧和pH水平。微生物学年报bob网站app68(4),195-205。DOI:DOI:10.1007 / s13213-018-1330-6
管和测序数据描绘的基因表达分析Imeage
图片来源:HYUNGKEUN

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